台湾白色恐怖时期，许多有左翼背景的抗战歌曲遭"警总"（台湾警备总司令部，特务机关）查禁，《义勇军进行曲》更是头号禁歌。1935年，《义勇军进行曲》也跨越海峡，成为台湾抗日团体的战斗歌曲。在这里不得不提的是，《义勇军进行曲》在抗战时期也成为了国民党军队的军歌。曾在远征军担任上尉参谋的著名历史学家黄仁宇曾回忆道：

　　“取用为国歌之前，早经国军选用为标准军歌之一；我们在成都草堂寺青羊宫做军官的年代也唱过不知多少次了。‘我们万众一心，冒着敌人的炮火，前进！前进！’其音节劲拔铿锵，至今听来还令人想念当日抗战时的气魄。”而根据远征军二百师师长戴安澜将军的作战秘书张家福少校的回忆，著名的二百师的军歌就是《义勇军进行曲》。

　　1947年，《义勇军进行曲》被国民政府正式查禁，违者轻则严刑拷打，重则“人间蒸发”。前民进党主席谢长廷就曾回忆称，若在两蒋时期唱这首歌，“随时要杀头的”。至于那些偶然出现在旧文艺作品中的《义勇军进行曲》，悉数进行消除处理。

　　例如，1945年上映的美国电影《龙种》，内容讲述中国军民抗日故事，政治上可谓十分正确。只是国民党败退台湾后，作为背景音乐的《义勇军进行曲》成了麻烦。“警总”的解决办法是，收集岛内所有的《龙种》拷贝，销毁这首歌的原声音轨。如是严禁下，《义勇军进行曲》在台湾公众场合消失了20多年。

　　除了《义勇军进行曲》，台湾那时的禁歌近千首，《黄河大合唱》、《东北三部曲》、《大刀进行曲》等抗日歌曲自不必说，连一首《保卫大台湾》的国民党抗战歌曲也因为歌唱中谐音似“包围打台湾”而遭禁，另外包括当时电台常播的《何日君再来》、《苏州河边》、《天涯歌女》等上海歌星的歌，都因“作者滞留匪区”遭遇禁令。台湾资深媒体人管仁健曾在《台湾小学课本里的“抗日”诗歌》一文里回忆了《义勇军进行曲》在1974年意外播放的趣闻。1974年11月24日，是国民党建党八十周年纪念日，台视公司制作了特别节目。没想到背景音乐竟出现了《义勇军进行曲》，台视播放《义勇军进行曲》事件，只因台视从国外进口了一批没有词只有曲的背景音乐唱片。戒严时代的台湾人从未听过《义勇军进行曲》，工作人员自作主张用在国民党建党八十周年的庆祝节目里。

　　后来这首歌被解禁却是因为一个女作家，她就是三毛，1985年，三毛在一场有几千人参与的演讲会上唱起了它。但令人没想到的是，如此“大逆不道”，三毛最终却安然无恙。这与蒋经国的怀柔政策不无关系。连民进党在台北圆山饭店决议创立的时候，小蒋都没有痛下杀手，何况唱禁歌这种“小事”。不过，第一个公开唱这首歌的三毛，还是被“黑”了一下。1990年12月，三毛编剧的电影《滚滚红尘》夺取8项金马大奖，却唯独没有最佳编剧奖，理由是当局认为该片“刻意歌颂中共”，被文化界视为时隔5年的秋后算账。

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